Ždrijebanje parova 1/16 finala Kupa Bosne i Hercegovine 2020/2021. bit će održano u ponedjeljak, 20. rujna 2021. u 12:00 sati u prostorijama NS/FS BiH u Sarajevu.
U ovoj fazi natjecanja sudjelovati će sljedeći klubovi:
FK ALFA MODRIČA Modriča, FK BORAC Banja Luka, HNK ČAPLJINA Čapljina, FK GORAŽDE Goražde, NK GOŠK Gabela, OFK GRADINA Srebrenik, FK IGMAN Konjic, FK KLIS Buturović polje, FK KRUPA Krupa na Vrbasu, FK LEOTAR Trebinje, FK LJUBIĆ Prnjavor, FK OMARSKA Omarska, HŠK POSUŠJE Posušje, FK RADNIK Bijeljina, FK RUDAR Han Bila, FK RUDAR PRIJEDOR Prijedor, FK SARAJEVO Sarajevo, FK SLOBODA Mrkonjić Grad, FK SLOBODA Novi Grad, FK SLOBODA Tuzla, HNK SLOGA Gornji Vakuf/Uskoplje, NK STUPČANICA Olovo, NK SVATOVAC Poljice, NK ŠIROKI BRIJEG Široki Brijeg, NK TRAVNIK Travnik, FK TUZLA CITY Tuzla, FK VELEŽ Mostar, HŠK ZRINJSKI Mostar, FK ZVIJEZDA 09 Bijeljina, FK ZVIJEZDA Gradačac, FK ŽELJEZNIČAR Sarajevo, FK ŽELJEZNIČAR ST Banja Luka.
Zbog trenutne epidemiološke situacije, ždrijebanju može biti prisutan jedan ovlašteni predstavnik svakog kluba koji se kvalificirao u šesnaestinu finala Kupa.
